Basketbol
Fenerbahçe Ülker’in maçlarını oynadığı Abdi İpekçi Arena

Ana maddeler : Erkek Takımı, Bayan Takımı

Fenerbahçe’nin ikinci büyük branşı basketboldur.Fenerbahçe ve Ülkerspor 2006 yılında yaptıkları geniş kapsamlı sponsorluk anlaşması ile takımlarını birleştirmişler ve Fenerbahçe Ülker adını almışlardır.Bayan takımına Aras Kargo sponsor olmuştur.

2006/07 sezonunda TBL’yi birinci olarak tamamlayıp playofflarda Efes Pilsen’i mağlup edip şampiyon olmuştur.

Voleybol

Ana maddeler : Erkek Takımı, Bayan Takımı

Fenerbahçe’nin üçüncü büyük branşı voleyboldur.2007 yılında Acıbadem Holding, bu branşa sponsor olmuştur.

Boks

Ana madde : Fenerbahçe Boks Şubesi

Boks, Fenerbahçe Spor Kulübü’nde önemli bir branştır.Takım Türkiye Şampiyonlukları kazanmış sporculara sahiptir. Atagün Yalçınkaya, Gülsüm Tatar ve Sümeyra Kaya Fenerbahçe Boks Takımı’ndadır.
Fenerbahçeli Atlet Justin Gatlin

Atletizm

Ana madde : Fenerbahçe Atletizm Şubesi

Atletizm, Fenerbahçe Spor Kulübü’nde önemli bir branştır. Takım Türkiye rekorları kırmış birçok atlete sahiptir.Halil Akkaş, Eşref Apak, Amerikalı koşucu Justin Gatlin, Kanadalı koşucu Donovan Bailey ve Jamaika doğumlu Slovenyalı koşucu Merlene Ottey Fenerbahçe Atletizm Takımı’nda bulunmaktadır.

Kürek

Ana madde : Fenerbahçe Kürek Şubesi

Kürek, Fenerbahçe Spor Kulübü’ndeki bir diğer önemli branştır.Takım, Türkiye’nin en iyi Kürek takımı olarak gösterilmektedir.

Yelken

Ana madde : Fenerbahçe Yelken Şubesi

Yelken, Fenerbahçe Spor Kulübü’ndeki bir başka önemli branştır.Türkiye’nin en iyi yelken takımları arasında gösterilmektedir.Manken Çağla Kubat, Fenerbahçe Yelken Takımı’nın sporcusudur..

Masa Tenisi

Ana madde : Fenerbahçe Masa Tenisi Şubesi

Fenerbahçe, son yıllarda diğer branşlara olduğu gibi masa tenisi branşına da önemli yatırımlar yapmıştır.Fenerbahçe Spor Kulübü’nün masa tenisi şubesindeki bir çok sporcunun Türkiye Şampiyonlukları vardır.Yurtdışından getirilen sporcular da bir çok kez ülkelerinde milli olmuşlardır.

Yüzme

Ana madde : Fenerbahçe Yüzme Şubesi

Fenerbahçe Yüzme Şubesi bünyesinde 200′den fazla sporcu vardır.Branş Serbest stil yüzme, Kurbağalama yüzme, Kelebekleme yüzme, Sırtüstü yüzme ve Karışık yüzme dallarında faaliyet göstermektedir.Bu şube 2001 yılı hariç son 9 yılda tüm Türkiye şampiyonluklarını kazanmıştır.